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主要是組建專業機構隊伍，開展重點調查和防治。將瘧疾作為限期控制和消除的病種之一納入法定報告傳染病。在重點流行區廣泛開展了瘧疾病人普查普治、春季抗復發治療和防蚊滅蚊工作，取得明顯成效。 

專業機構隊伍下鄉

主要通過在瘧疾嚴重流行地區以全人群服藥和傳染源控制為主的防治策略，并建立區域瘧疾聯防聯控機制，控制了大規模瘧疾暴發流行，大幅度降低了瘧疾發病率和死亡率。

黃花蒿，青蒿素的來源植物

開展人群服藥

主要根據不同媒介分布區瘧疾流行特點和不同媒介的生物學特性，采取不同的綜合性防控措施。1995年在我國中部嗜人按蚊分布區成功阻斷了惡性瘧傳播。1999年全國已有1321個縣（市）經省級考核達到“基本消滅瘧疾”標準。

專家考察捕蚊管使用效果

主要針對黃淮平原出現的瘧疾疫情回升和局部暴發，加強瘧疾的及時診斷和規范治療，采取疫點人群服藥、媒介控制及健康教育等綜合措施。2004年“中國疾病預防控制信息系統”啟用。2008年有效控制了黃淮平原地區的疫情回升和局部暴發流行。2009年海南省阻斷了本地惡性瘧傳播，全國1687個縣（市、區）連續3年無瘧疾病例報告，僅4個縣發病率在10/萬以上。

瘧疾病例現場篩查

2010年啟動《中國消除瘧疾行動計劃（2010-2020年）》，將全國流行縣分4類實施強化控制或消除策略。2011年建立“國家寄生蟲病防治信息管理系統”。2012年總結提出消除瘧疾的“線索追蹤，清點拔源”策略和“1-3-7”工作規范。2016年24個流行省全部建立省級瘧疾診斷參比實驗室。2017年全國首次實現無本土原發感染瘧疾病例。2020年實現消除瘧疾目標，并于2021年6月30日通過了世界衛生組織的消除瘧疾認證。